El nombre Colotlán significa «lugar de alacranes» en Náhuatl. Antes de su conquista española, la región quedaba habitada por varios grupos indígenas tal como los tepecanos (tepehuanes), guachichiles y zacatecas (grupos nomádicos a quienes los españoles y mexicas referían como chichimecas). Estos grupos estaban en un estado de guerra continua con los caxcanes que habitaban la región al sur. Los primeros españoles de llegar a la región en 1530 llegaron bajo la dirección del capitán Pedro Almíndez Chirino, quien reportó que la región quedaba básicamente inhabitada. Las atrocidades de las expediciones enviadas a la región por Nuño Beltrán de Guzmán llevaron a un cacique indígena de la región llamado Zacatecas a aliar los varios grupos indígenas para resistir la incursón española en la Guerra del Mixtón en 1540.

En 1546, el gobernador de la Nueva Galicia, Cristóbal de Oñate mandó a Juan de Tolosa a la región y este hombre pudo convencer a los grupos indígenas locales de aceptar la presencia militar de la Corona Española y evangelización, otorgando regalos extravagantes a sus líderes.

La fundación de Colotlán la realizó Lucas Telles, propietario de la hacienda Tochopa, que fue asiento de la Villa en 1580. Él, junto con Diego Ramírez, solicitaron el permiso correspondiente al virrey Luis de Velasco para fundar una villa. El virrey envió 400 familias tlaxcaltecas a la región con el fin de que la poblaran y así ayudar a pacificar y conquistar a los chichimecas.

En 1589 el Capitán Miguel Caldera, alcalde mayor de Villa de Jerez y Valle de Tlaltenango, en unión de Daniel Nuñez, dio las tierras necesarias para la fundación, tomando posesión de las mismas Fray Ignacio Cárdenas, recibiendo el poblado el nombre de Villa de nueva Tlaxcala de Guiahuistián, denominación con a que se conoció a Colotlán a finales del siglo XVIII.

En 1833 se le concedió el titulo de Ciudad a Colotlán y desde esa fecha fue cabecera del Octavo Cantón. El 13 de marzo de 1837, fue declarado distrito el 8 de abril de 1844 por decreto se estableció como Ayuntamiento.

Su escudo de armas es de forma española, al centro un escusón con la figura de un alacrán haciendo referencia al significado del nombre del municipio ya que el vocablo Colotlán es interpretado como “lugar donde abundan los alacranes”.